En el siglo X, el rey Sancho IV de Castilla tuvo que repoblar la zona comprendida entre el Ponte Nafonso y Ézaro, nombrando la región como el Pueblo de Muro. El emplazamiento correspondió a la parte sur. El primer documento de este lugar es de 1286, En 1298 Fernando IV le da a este pueblo la mitra Compostela, desapareciendo de su caparazón el castillo y el león (símbolo de los reyes de Castilla) y pasa a ser dos conchas del peregrino, que representan la Catedral de Santiago de Compostela. A mediados del siglo XV, el rey Juan II de Castilla permitió a la ciudad portuaria a las mercancías de exportación e importación.
La ciudad ganó importancia con el tiempo, y fue amurallada en 1520. La construcción de 3 a 4 m de espesor y de alta hasta siete, y se divide la población en dos distritos muy definidas: la cerca y el pincel. La puerta principal de acceso fue la puerta del pueblo, flanqueada por dos torres de defensa fuerte y estaba ubicado cerca de la actual Casa Consistorial, la pared había dos puertas y dieciocho torres almenadas otros de hasta 11 m de altura. También en 1520 Alonso III de Fonseca construyó la Fortaleza del Monte Laurel para defenderse de los ataques de piratas. En 1543 una batalla naval tuvo lugar en la ría de Muros, donde la Armada española, dirigida por el almirante Álvaro de Bazán, derrotó a los franceses. En ese momento el gobierno local se reúne en el cementerio de San Pedro. A finales del siglo XVI, el marqués de Cerralbo construyó un castillo cerca del antiguo mercado de pescado, que en el siglo XVIII llegó a tener 12 cañones.
En marzo de 1809, en la Guerra de la Independencia española, la ciudad fue destruida por las tropas napoleónicas en doce horas. Además de los daños humanos y materiales (190 casas destruidas), se quemó el Archivo Municipal, que causó la pérdida de la mayoría de la documentación histórica. En el siglo XIX, llegaron a la aldea empresarios catalanes, que crearon más de 30 fábricas de Salazón, especialmente sardinas y el arenque. Junto con los astilleros, que han marcado la vida profesional y la fisonomía de la ciudad.
En el siglo XX la ciudad recibió la visita de María Cristina de Habsburgo-Lorena, la reina madre de Alfonso XIII. La noble estuvo unos días viviendo con su séquito.
En mayo de 1970 la ciudad fue declarada Conjunto Histórico-Artístico, se define como "aldeas de pescadores que conservan los valores ambientales, típico y pintoresco, junto con la grandeza severas de la monumental palacios góticos y templos como la ex colegiata y la ermita de la Virgen el Camino".
