En el municipio se encontraron objetos prehistóricos. Más de 125 mámoas, fragmentos de cerámica e incluso vasos correspondientes a la cultura campaniforme. Entre los años 6000 a 2800 a. C. se cree que un importante asentamiento humano poblaba la zona aunque la mayoría de los restos encontrados son sobre enterramientos y no sobre la vida. Incluso hay teorías que dicen que el valle era una inmensa tumba (dugusón) para los pueblos nómadas de la zona.
Hay numerosas pruebas de la romanización de la zona como pueden ser varios sarcófagos paleocristianos encontrados en la villa y restos de viviendas romanizadas.
En el año 1267 se encuentra el primer texto que constata la existencia del "Concejo das Pontes". En 1376, Enrique II de Castilla le concedió el señorío de la Villa de Puentes al caballero García Rodríguez de Valcárcel, por haberlo rescatado de la prisión en la que se encontraba tras la batalla de Nájera. "Por quantas lealtanzas de fianza fallamos en vos... e por quanto afán y trabajo y pérdidas oviste tomado por nós... facemos vos donación pura y perpetua... del lugar de las Puentes de Hume". Su linaje se extinguió en 100 años pasando a pertenecer el señorío a la casa de Lemos. Sin embargo dejó su huella en los numerosos puentes que mandó construir destacando entre ellos el "puente de los hierros" ("ponte dos ferros").
Según el "Catastro del Marqués de la Ensenada", realizado en 1752, residían entonces, en el casco urbano pontés, algo más de doscientos habitantes y cerca de mil en el resto del municipio. La villa disponía de un Hospital para recoger, dar posada y asistir a pobres, peregrinos y viandantes. El edificio, cuyo recuerdo da nombre a la plaza principal de Puentes, siguió siendo hospital hasta mediados del siglo XIX y escuela hasta la segunda década del siglo XX, en que fue demolido por una orden municipal. A finales del siglo XVIII, José Cornide Saavedra comunicó a la Real Sociedad Económica de Amigos del País la existencia en Puentes de García Rodríguez de yacimientos de lignito. En 1862 se levantaría un nuevo puente construido en época de Isabel II y de quien recibe el nombre.
