Los primeros documentos manuscritos que hablan de Mugardos ("Mogardos") datan de 1105, cuando la mitad de la villa pertenecía al Monasterio de Caaveiro. En otro documento de 1235 aparece un abad llamado Tenón como poseedor de la otra mitad.
Posteriormente, coincidiendo con el ascenso de la Casa de Andrade de la mano de Enrique II de Castilla, estas tierras pasan a ella. Fernán Pérez de Andrade funda el convento de Santa Catalina de Montefaro en 1393 y según un documento redactado en Caamouco, le entrega en 1397 "a vila de Mugardos e todos seus servizos e colleitas e tallas e tributos... e todos serventíos que soien façer para que o feçeren des i en deante ao dito moesteiro". A su vez los caballeros con casafuerte en Caamouco administrarían las torres de Franza y Boado.
La peste de 1404 llevó a los vecinos de Ferrol a prometer el Voto de Chanteiro, romería anual por el mar hasta Mugardos y a pie hasta Chanteiro. Esta tradición se mantuvo hasta 1839, año en que las autoridades eclesiásticas suspendieron el voto, dado que consideraban que la fiesta daba lugar a "escenas poco edificantes para la moral", con protestas de los vecinos de Ares y Mugardos.
El gerente de Mugardos, Ramón Mariño da Barreira obtiene, después de un largo proceso, la liberación del señorío de Montefaro en 1805. Asimismo se le concede escudo municipal y el título de Real Villa.
En las proximidades de la población se encuentra situado el Castillo de La Palma, y el Castillo de San Martín del siglo XVI; entre éste último y el de San Felipe se tendía una cadena que impedía la entrada a los navíos enemigos, actualmente en ruinas.
